ข้อพิพาทระหว่างกรมศุลกากร กับ บริษัท เชฟรอน (ไทย) จำกัด ประเด็นนี้เคยเป็นข่าวใหญ่ขึ้นมาในช่วงต้นปี 2559 โดยที่มาของปมปัญหานี้เกิดจากพระราชบัญญัติศุลกากร พ.ศ. 2469 ไม่ได้กำหนดนิยามของคำว่า “ราชอาณาจักรไทย” เอาไว้ ทำให้เกิดการตีความ กรณีบริษัท เชฟรอน (ไทย) จำกัด ซื้อน้ำมันดีเซลที่ผลิตในประเทศไทย ส่งไปขายให้บริษัท เชฟรอนประเทศไทยสำรวจและผลิต จำกัด และบริษัท เชฟรอน ออฟชอร์ (ประเทศไทย) จำกัด ใช้เติมเครื่องจักรและสำรวจขุดเจาะน้ำมันบริเวณอ่าวไทย ซึ่งอยู่ห่างจากชายฝั่งไม่ต่ำกว่า 60 ไมล์ทะเล หรือที่เรียกว่า “ไหล่ทวีป”
กรณีนี้ถือเป็น “การซื้อ-ขายกันในประเทศ” หรือ “ส่งออก” ซึ่งการตีความของกรมศุลกากรครั้งนี้จะมีผลกระทบไปถึงการจัดเก็บภาษีน้ำมันของอีกหลายหน่วยงาน เช่น กรมสรรพากร, กรมสรรพสามิต, กรมศุลกากร, องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น และกระทรวงพลังงาน คิดเป็นมูลค่าหลายพันล้านบาท หากตีความว่ายังเป็นการซื้-ขายน้ำมันในราชอาณาจักร ไม่ได้คืนหรือยกเว้นภาษีน้ำมันที่เก็บจากหน้าโรงกลั่น แต่ถ้าตีความเป็นการส่งออก ได้รับยกเว้นหรือคืนภาษีภายในประเทศทั้งหมด
เดือนกุมภาพันธ์ 2554 บริษัทเชฟรอนฯ ทำหนังสือมาสอบถามกรมศุลกากรว่า กรณีดังกล่าวถือเป็นการซื้อ-ขายภายในประเทศหรือส่งออก กรมศุลกากรตีความและทำหนังสือแจ้งกลับไปว่า กรณีดังกล่าวถือเป็นส่งออก ตามพระบรมราชโองการ ฉบับวันที่ 6 ตุลาคม 2508 และวันที่ 27 กุมภาพันธ์ 2524 ที่ระบุว่าราชอาณาจักรไทยมีอาณาเขตไม่เกิน 12 ไมล์ทะเลนับจากชายฝั่ง ขณะที่คณะกรรมการกฤษฎีกาเคยวินิจฉัยคำว่า “ราชอาณาจักรไทย” มีขอบเขตรัศมีครอบคลุมไปถึงไหล่ทวีป ซึ่งเป็นแหล่งทรัพยากรธรรมชาติของไทย ผลจากการตีความครั้งนั้นทำให้บริษัทเชฟรอนฯได้รับยกเว้นภาษีน้ำมันตั้งแต่ปี 2555 เป็นต้นมา
ช่วงต้นปี 2557 กรมศุลกากรจับเรือขนส่งน้ำมันของบริษัทเชฟรอนฯ ขณะจอดเทียบท่าอยู่ชายฝั่งไทย เจ้าหน้าที่ศุลกากรเข้าตรวจค้นบนเรือ พบน้ำมันส่งออกขนกลับเข้ามาในราชอาณาจักรไทย จึงยึดน้ำมันเป็นของกลางและขายทอดตลาด (ถือเงินแทนของ) จากเหตุการณ์ดังกล่าวทำให้เกิดการทบทวน โดยมีการนำประเด็นการตีความกฎหมายเสนอให้ที่ประชุมร่วมระหว่างกรมศุลกากรกับบริษัทเชฟรอนฯ พิจารณา กรณีบริษัทเชฟรอนฯ ซื้อน้ำมันสำเร็จรูปในประเทศส่งไปใช้ที่แท่นขุดเจาะน้ำมัน ถือเป็นการซื้อ-ขายภายในประเทศหรือส่งออกอีกครั้ง
ผลการพิจารณาปรากฏว่า ที่ประชุมร่วมระหว่างกรมศุลกากรและบริษัทเชฟรอนฯ มีมติให้บริษัทเชฟรอนฯ ปฏิบัติพิธีการในรูปแบบ “การค้าชายฝั่ง” (ซื้อ-ขายภายในประเทศ) ไปจนกว่าจะได้ข้อสรุปที่ชัดเจน จากมติดังกล่าว ทำให้บริษัทเชฟรอนฯ ไม่ได้รับยกเว้นภาษีนับตั้งแต่นั้นเป็นต้นมา
จนกระทั่งมาถึงปี 2558 บริษัทเชฟรอนฯ ทำหนังสือทวงถามความคืบหน้าในการพิจารณาต่อกรมศุลกากร โดยผู้อำนวยการสำนักกฎหมาย กรมศุลกากร ได้ทำหนังสือแจ้งกลับไปว่า กรณีดังกล่าว ถือเป็นการส่งออก ทำให้บริษัทเชฟรอนฯ ได้รับยกเว้นภาษีน้ำมันอีกครั้ง
ขณะนั้นภายในกรมศุลกากรมมีความเห็นแตกเป็น 2 ฝ่าย โดยฝ่ายที่ไม่เห็นด้วยกับการตีความดังกล่าวทำหนังสือร้องเรียนอธิบดีกรมศุลกากร และสำนักงานการตรวจเงินแผ่นดิน
ต้นปี 2559 กรมศุลกากรทำหนังสือถามคณะกรรมการกฤษฎีกาว่ากรณีดังกล่าวถือเป็นการซื้อ-ขายในประเทศหรือส่งออก ระหว่างที่คำตอบจากสำนักงานคณะกรรมการกฤษฎีกาขอให้กระทรวงการคลังสั่งให้กรมสรรพสามิตชะลอการยกเว้นภาษีให้กับบริษัทเชฟรอนฯ
กลางปี 2559 คณะกรรมการกฤษฎีกาทำหนังสือตอบกลับ โดยแนะนำให้กรมศุลกากรหารือกับหน่วยงานที่เกี่ยวข้อง วันที่ 22 กรกฎาคม 2559 กรมศุลกากรจึงเรียกประชุม 3 หน่วยงาน ได้แก่ กรมศุลกากร, กรมเชื้อเพลิงธรรมชาติ และกรมสนธิสัญญาและกฎหมาย กระทรวงการต่างประเทศ ตามคำแนะนำของคณะกรรมการกฤษฎีกา ผลการพิจารณาที่ประชุม 3 ฝ่ายมีมติให้บริษัทเชฟรอนฯ ปฏิบัติพิธีการในรูปแบบของการค้าชายฝั่ง
ปรากฏว่ากระทรวงการคลังไม่เห็นด้วยกับมติที่ประชุม 3 ฝ่าย จึงให้รองปลัดกระทรวงการคลังสั่งการให้อธิบดีกรมศุลกากรทำหนังสือไปสอบถามคณะกรรมการกฤษฎีกาอีกครั้ง ขณะที่สำนักงานการตรวจเงินแผ่นดิน (สตง.) ทำหนังสือถึง พล.อ. ประยุทธ์ จันทร์โอชา นายกรัฐมนตรี และหัวหน้าคสช., รัฐมนตรีว่าการกระทรวงการคลัง, ปลัดกระทรวงการคลัง ขอให้สั่งกรมสรรพสามิตเรียกเก็บภาษีสรรพสามิตพร้อมเบี้ยปรับ รวมทั้งแต่งตั้งคณะกรรมการสอบสวนเจ้าหน้าที่ที่เกี่ยวข้องกับการตีความ
สุดท้าย คณะกรรมการกฤษฎีกามีคำวินิจฉัย “กรณีการขนส่งน้ำมันเชื้อเพลิงจากชายฝั่งไทยไปยังแท่นขุดเจาะน้ำมัน ถือว่าเป็นการขนของไปใช้ในการประกอบกิจการปิโตรเลียมในราชอาณาจักร ตาม พ.ร.บ.ปิโตรเลียม พ.ศ. 2514 ต้องจัดเก็บภาษีเช่นเดียวกับการประกอบกิจการภายในประเทศ”
วันที่ 17 มีนาคม 2560 บริษัทเชฟรอนฯ นำเงินภาษีน้ำมันส่วนที่ได้รับยกเว้นในช่วง 5 ปีที่ผ่านมา คิดเป็นมูลค่ากว่า 2,100 ล้านบาท มาชำระคืนกรมสรรพสามิต
